โรงเรียนบ้านในสอยได้จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ ๒๑ สิงหาคม  ๒๔๗๙  โดยนายเปลี่ยน  สิทธิเวช  นายอำเภอเมืองแม่ฮ่องสอน  และนายศรีซื่อ  สุรินทร์ต๊ะ  ศึกษาธิการอำเภอเมืองแม่ฮ่องสอน  โดยอาศัยศาลาวัดบ้านในสอยเป็นสถานที่เล่าเรียน และโรงเรียนดำเนินงานอยู่ได้ด้วยเงินงบประมาณประถมศึกษาจัดการเรียนการสอนตามหลักสูตรกระทรวงศึกษาธิการ  มีนายจันทรา แน่นอุดร  เป็นครูใหญ่  และ นายจันทร์ต๊ะ ชัยวิบูลย์  ทำหน้าที่โดยครู  แบ่งนักเรียนออกเป็น  ๒  ห้อง  คือชั้นประถมศึกษาปี่ที่  ๑  ก และ ข โรงเรียนนี้มีชื่อว่า โรงเรียนประชาบาล ตำบลปางหมู  ๒  (บ้านในสอย)
        วันที่  ๒๘  เมษายน  ๒๔๘๑  นายกิมซัว  สุขเกษม  ศึกษาธิการจังหวัดแม่ฮ่องสอน  และขุนเลข กิจชำนาญ  นายอำเภอ เมืองแม่ฮ่องสอน ได้มาตรวจเยี่ยมโรงเรียนและได้จัดซื้อที่ดิน จำนวน ๑๒ ไร่จาก  นายจะก่าผล  ในราคา  ๑๕  บาท  เพื่อเป็นสมบัติของโรงเรียน
        วันที่  ๒๓  มกราคม  ๒๔๘๒  นายจันทรา แน่นอุดร  ครูใหญ่  นายก๋ง ศิลปนันท์          ครู นายหมื่นหมาย สันติกรรม  ผู้ใหญ่บ้านบ้านในสอยได้ขอแรงราษฎรช่วยกันปลูกสร้างอาคารเรียนคิดค่าก่อสร้าง  เป็นเงิน  ๒๙๐ บาท  วันที่  ๑๐  มิถุนายน  ๒๔๘๒  ได้ย้ายมาทำการสอนที่โรงเรียนหลังใหม่
พ.ศ. ๒๕๓๕  ได้เข้าโครงการขยายโอกาสทางการศึกษา  โดยเปิดสอนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑  มีนักเรียนทั้งสิ้น  ๒๑  คน  แยกเป็น  ชาย  ๔  คน หญิง  ๑๗ คน